根據氣流和隔離屏障的設計結構，生物安全柜分為Ⅰ級、Ⅱ級、Ⅲ級。  

1、Ⅰ級生物安全柜  Ⅰ級生物安全柜是指在不保護樣品安全的情況下，用于保護操作人員和環境安全的通風安全柜。Ⅰ級生物安全柜不考慮處理后的樣品是否被進入機柜的空氣污染，因此進入機柜的空氣清潔度要求不高。  空氣通過前窗操作口進入機柜，流經工作臺表面，經過過濾，通過排氣口排放到大氣中。氣流為單向非循環氣流。從前車窗操作口向內吸入的負壓氣流可保護操作員的安全。安全柜排出的氣流經空氣過濾器過濾，保護環境免受污染。  

2、Ⅱ級生物安全柜  Ⅱ級生物安全柜是指用于保護操作人員、樣品處理安全和環境安全的通風柜。  從前窗操作口向內吸入的氣流用于保護操作員的安全。工作空間為垂直向下的氣流，經空氣過濾器凈化，保護產品安全。柜內氣流經空氣過濾后排放，保護環境免受污染。  

3、Ⅲ級生物安全柜  工作空間為經空氣過濾器凈化的無渦流的單向流空氣。安全柜內的操作通過與安全柜密封連接的手套完成。安全柜內進入實驗室的負壓不得小于120Pa。下降的氣體經空氣過濾器過濾后進入安全柜，而排出的氣流應經過雙層空氣過濾器過濾或通過一層空氣過濾器過濾和焚燒來處理。