目前還沒有針對生物安全柜的消毒標準，由于生物安全柜的特殊性，過濾器( HEAP) 通常對0.3μm 微粒濾除于99.97%，一般的水溶劑很難穿透。通過擦拭和噴灑消毒劑的方法只能安全柜表面和工作區空間的病原微生物，而空間滅菌是指把物體上所有的微生物( 包括細菌芽孢在內) 全部。

生物安全柜在每次使用前后，要清除生物安全柜內表面的污染。工作臺面和內壁要用消毒劑進行擦拭，所用的消毒劑要能夠安全柜里可能發現的任何微生物。在每天實驗結束時，應擦拭生物安全柜的工作臺面、四周以及玻璃的內外側等部位來清除表面的污染。在對目標生物體有效時，可以采用漂白劑溶液或70%酒精來消毒。在使用如漂白劑等腐蝕性消毒劑后，還必須用無菌水再次進行擦拭。

我國行業標準 YY 0569 － 2011《Ⅱ級生物安全柜》僅在附錄中給出了推薦的消毒程序—使用多聚甲醛進行熏蒸，但甲醛消毒后需用氨水中和，中和后會殘留一些甲醛和中和產物，因此長期頻繁使用對人員危害極大，這也間接導致了該消毒方法的使用頻次低。國內也有報道采用二氧化體進行終末消毒，但由于穩定性問題，目前實際應用不多。由于具有很強的氧化能力，能破壞細菌菌體且分解產物是無毒無害的水和氧氣，具有不會形成二次污染等特點。