操作者使用不當。操作者在使用生物安全柜時發生不當行為，很有可能導致生物安全柜發生污染且防護作用受到影響。

2. 使用紫外燈。通常情況下生物安全柜中不需要紫外燈。如果使用紫外燈的話，應該每周進行清潔，以除去可能影響其殺菌效果的灰塵和污垢。

3. 使用明火。生物安全柜內所形成的幾乎沒有微生物的環境中，應避免使用明火。

4. 受試樣品溢出。實驗室中要張貼如何處理溢出物的實驗室操作規則，每一位使用實驗室的成員都要閱讀并理解這些規程。

5. 缺乏認證。生物安全柜在安裝時以及每隔一定時間以后，應由有資質的人員按照生產商的說明對每一臺生物安全柜的運行性能以及完整性進行認證，以檢查其是否符合國家及國際的性能標準。

6. 清潔和消毒工作不到位。由于剩余的培養基可能會使微生物生長繁殖，因此在實驗結束時，包括儀器設備在內的生物安全柜里的所有物品都應清除表面污染，并移出安全柜。

7. 沒有清除污染。生物安全柜在移動以及更換過濾器之前，必須清除污染。